マニュアルとキャラシートの記述に食い違いがありました。
既に気がついた方もいらっしゃるかもしれませんが、
製作側の不手際で混乱させてしまいまして申し訳ありません。

・ハイブリッドについて
マニュアル：イベントの時はポジティブ、ネガティブ参照の際両方を受ける
キャラシート：イベントの時はポジティブ、ネガティブ参照の効果は無視する

となっていますが、基本的にはどちらでもほとんど違いは出ません。
マニュアル遵守の場合は合算になるため、合計した際に有利不利が生まれますが、
イベントカードのポジティブ、ネガティブ参照内容のものは
ほとんど全てが合算した場合0かわずかにプラスとなっていますので、
マニュアル遵守の場合はほんの少しだけ有利となります。
逆にキャラシート遵守の場合は有利不利は生まれませんが、処理が非常に簡単です。

…さて、どちらにあわせるかですが、初期案の通りマニュアルに合わせて頂くと、
ハイブリッドタイプの設計通りに機能するため、こちらを推奨します。
理解が少々面倒ですが、ハイブリッドデッキを使える程度に慣れている場合は問題なく処理できると思われます。

ですが、マニュアルに合わせないと深刻な展開になるかと言われるとそうでもないため、
ゲーム開始前にどちらにあわせるかをプレイヤー同士で相談し、
お好みの側で遊んで頂くのも一向に構わないと考えています。